Bên cạnh những kết quả cơ bản, quan trọng đã đạt được, Hội nghị đã chỉ ra những hạn chế, yếu kém cần tập trung, khắc phục như: Công tác thông tin đối ngoại, tuyên truyền biển, đảo và phân giới, cắm mốc vẫn chưa phát huy được sức mạnh tổng hợp của cả hệ thống chính trị. Cơ chế phối hợp cung cấp thông tin giữa Trung ương và địa phương, giữa các đơn vị tại các địa phương còn những lúc thiếu đồng bộ nên  hiệu quả hoạt động vẫn chưa cao. Nội dung và hình thức tuyên truyền vẫn chưa thực sự phong phú, hiệu quả, thuyết phục, phù hợp với các đối tượng khác nhau.  Nhiều báo trong nhất, nhất là báo mạng, khai thác thông tin từ nguồn báo chí nước ngoài, trên mạng xã hội, thông tin thiếu kiểm chứng, thiếu nhạy cảm chính trị. Công tác phát ngôn ở nhiều địa phương, đơn vị còn có những sơ hở, dễ bị các thế lực cơ hội, thù địch lợi dung tuyên truyền  để chống phá.

Phát biểu kết luận Hội nghị, đồng chí Phạm Văn Linh, Phó trưởng ban Tuyên giáo Trung ương đã biểu dương nỗ lực của các cấp, các ngành, các địa phương, đơn vị đã có nhiều cố gắng nỗ lực trong việc tăng cường hoạt động thông tin đối ngoại; tuyên truyền biển, đảo và phân giới, cắm mốc, góp phần quan trọng tạo môi trường hòa bình, ổn định và điều kiện thuận lợi để phát triển đất nước.

Năm 2017, tình hình trong nước có những thuận lợi và khó khăn, thách thức đan xen. Tình hình quốc tế, khu vực và trên Biển Đông dự báo tiếp tục có những có những diễn biến phức tạp, khó lường. Trong bối cảnh đó, công tác thông tin đối ngoại, tuyên truyền biển, đảo và phân giới, cắm mốc biên giới cần tập trung vào một số nhiệm vụ trọng tâm trên cơ sở quán triệt đường lối, quan điểm, chính sách đối ngoại của Đảng, Nhà nước ta; tiếp tục hoàn thiện công tác tổ chức, cơ chế chỉ đạo, phối hợp giữa các lực lượng tuyên truyền một cách toàn diện, đồng bộ; tiếp tục đổi mới đa dạng hóa nội dung, hình thức, phương thức, ngôn ngữ tuyên truyền; chủ động định hướng dư luận xã hội, đồng thời nâng cao hơn nữa hiệu quả công tác đấu tranh, phản bác các thông tin sai sự thật, luận điệu xuyên tạc của các thế lực cơ hội, thù địch. Tiếp tục đẩy mạnh tuyên truyền quan điểm, lập trường của Việt Nam trong việc giải quyết vấn đề Biển Đông bằng biện pháp hòa bình, trên cơ sở luật pháp của quốc tế; tranh thủ hơn nữa sự đồng tình, ủng hô của cộng đồng quốc tế, người Việt Nam ở nước ngoài đối với các chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước, góp phần tọa môi trường trong nước và quốc tế thuận lợi để baroa vệ vững chắc chủ quyền biên giới lãnh thổ, biển, đảo, giữ gìn hòa bình, ổn định, chủ động và tích cực hội nhập quốc tế, phát triển đất nước, nâng cao vị thế và uy tín của Việt Nam trong khu vực và trên thế giới.

Tại Hội nghị, Ban Tuyên giáo Trung ương đã tặng Bằng khen cho 27 tập thể và 9 cá nhân đạt thành tích xuất sắc trong công tác thông tin đối ngoại; tuyên truyền biển, đảo và phân giới, cắm mốc trong năm 2016.