4 bị cáo kháng cáo trong vụ án này gồm: Vũ Huy Hoàng (cựu Bộ trưởng Công thương); Phan Chí Dũng (cựu Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ, Bộ Công thương); Lâm Nguyên Khôi (cựu Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh); Lê Quang Minh (cựu Trưởng phòng Phát triển hạ tầng, Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh).
Về diễn biến của vụ án, Sabeco được giao cho khu đất tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng, Thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó, Sabeco góp vốn vào thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân đầu tư thực hiện Dự án "Xây dựng khách sạn 6 sao, trung tâm thương mại, trung tâm hội nghị, hội thảo và văn phòng cho thuê”. Sau khi góp vốn liên doanh, các bị cáo đã tích cực chỉ đạo Sabeco thoái vốn, chuyển quyền quản lý tài sản nhà nước sang tư nhân trái pháp luật, gây thất thoát, thiệt hại đặc biệt lớn cho nhà nước với số tiền hơn 2.700 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát cho rằng, bị cáo Vũ Huy Hoàng là người quyết định cho đầu tư dự án nhưng không chấp hành các nghị quyết của Chính phủ. Tiếp đó, bị cáo Hoàng đã không chỉ đạo Sabeco thực hiện dự án đã được phê duyệt. Cựu Bộ trưởng Công thương chỉ đạo thoái toàn bộ vốn góp (chuyển nhượng vốn) của Sabeco tại Công ty Sabeco Pearl cho doanh nghiệp tư nhân tham gia liên doanh. Việc chuyển nhượng này với giá cổ phần thấp để hoàn tất việc chuyển quyền quản lý, sử dụng khu đất 6.080m2 tại số 2-4-6 Hai Bà Trưng. Đây là tài sản nhà nước đã bị chuyển nhượng sang tài sản tư nhân trái pháp luật, gây thiệt hại, thất thoát hơn 2.700 tỷ đồng.
Về trách nhiệm của bị cáo Vũ Huy Hoàng, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, với vai trò là lãnh đạo ngành Công thương, cựu Bộ trưởng biết rõ công ty Sabeco không đủ năng lực, không có tiền góp vốn dự án đúng thời hạn nhưng vẫn chấp nhận cho Sabeco thực hiện dự án, thành lập Công ty liên doanh Sabeco Pearl cùng với các doanh nghiệp tư nhân đầu tư dự án; đã tích cực chỉ đạo Sabeco thoái vốn, chuyển quyền quản lý tài sản nhà nước sang tư nhân trái pháp luật. Những hành vi này là vi phạm nghiêm trọng các nghị quyết, quyết định của Chính phủ và vi phạm các quy định pháp luật.
Bị cáo Vũ Huy Hoàng phủ nhận các hành vi trên, cho rằng mình không tham gia vào việc thoái vốn, việc này diễn ra khi bị cáo đã về hưu. Tuy nhiên, Viện Kiểm sát cho rằng, nếu không có các chủ trương, chỉ đạo từ khi bị cáo Hoàng còn đương chức thì sẽ không có các quá trình tiếp theo trong thực hiện dự án.
Theo đại diện Viện Kiểm sát, Tòa sơ thẩm tuyên bị cáo Vũ Huy Hoàng phạm tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí” là có căn cứ, đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Việc bị cáo Hoàng kêu oan là không có cơ sở. Việc Tòa sơ thẩm tuyên 11 năm tù đối với bị cáo là phù hợp với hành vi và đã áp dụng các tình tiết giảm nhẹ đúng quy định.
Đối với 3 bị cáo kháng cáo khác, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng, bị cáo Phan Chí Dũng là đồng phạm giúp sức tích cực trong vụ án. Bị cáo Lâm Nguyên Khôi khi chưa lấy ý kiến của các ngành chức năng, theo sự chỉ đạo của Phó Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh Nguyễn Hữu Tín, đã ký văn bản tham mưu, đề xuất với UBND Thành phố chấp thuận cho Sabeco Pearl làm chủ đầu tư, thực hiện nghĩa vụ tài chính. Tòa sơ thẩm cho rằng văn bản này là cơ sở để các ngành tham mưu, đề xuất với lãnh đạo UBND Thành phố Hồ Chí Minh cho Sabeco Pearl thuê đất trái pháp luật.
Trước đó, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã mở phiên tòa xét xử sơ thẩm vụ án này và tuyên án phạt cựu Bộ trưởng Công thương Vũ Huy Hoàng 11 năm tù, Phan Chí Dũng 9 năm tù về cùng tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Bị cáo Lâm Nguyên Khôi bị phạt 4 năm 6 tháng tù, Lê Quang Minh 3 năm 6 tháng tù về cùng tội "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai”.
Sau phần trình bày quan điểm của Viện Kiểm sát, phiên phúc thẩm bước sang phần tranh luận.