Luật GDÐH sửa đổi có hiệu lực đem đến nhiều thay đổi, tạo hiệu quả cao hơn trong GDÐH cũng như tạo môi trường học tập tốt hơn cho sinh viên. Tuy nhiên, mức học phí của các trường sau tự chủ là vấn đề khiến học sinh băn khoăn. Giải đáp những băn khoăn này, Hiệu trưởng Trường ÐH Bách khoa Hà Nội Hoàng Minh Sơn cho biết: Việc quyết định học phí là yếu tố rất quan trọng, vừa bảo đảm nâng cao chất lượng đào tạo nhưng cũng phải làm sao bảo đảm hướng tiếp cận học ÐH của người học. Khi Nhà nước không cấp chi thường xuyên cho các trường nữa thì học phí là nguồn để bù đắp một phần. Vì vậy, việc nâng học phí là không tránh khỏi. Tuy nhiên, tăng học phí phải có lộ trình và phù hợp khả năng chi trả, tiếp cận của người học ở các vùng quê khác nhau. Ðối với hầu hết sinh viên, các em đều có khả năng lựa chọn các chương trình học khác nhau, bên cạnh đó còn có học bổng hỗ trợ là điều kiện thuận lợi khi chọn ngành học.
Trong khi đó, Hiệu trưởng Trường ÐH Kinh tế quốc dân Phạm Hồng Chương cho rằng: Khi thực hiện cơ chế tự chủ, việc học phí bù đắp chi phí thường xuyên cũng như các chi phí khác là vấn đề tất yếu. Thí dụ năm học 2019 – 2020, Trường ÐH Kinh tế quốc dân có mức học phí cho các chương trình đào tạo chính quy của trường từ 15 đến 18,5 triệu đồng với mức tăng được nhà trường cam kết không quá 10%. Do vậy, các sinh viên khi vào trường đã biết rõ mình sẽ phải đóng học phí bao nhiêu cho suốt quá trình đào tạo, tránh để xảy ra bất ngờ. Tuy nhiên, để bảo đảm cho các đối tượng khó khăn có khả năng được học tập, nhà trường có quỹ học bổng cho sinh viên nghèo. Nhiều học bổng tài năng được cấp cho cả khóa học, các em có đủ khả năng chi trả trong suốt quá trình học tập.
Cùng với vấn đề học phí, việc mở ngành cũng là vấn đề đáng quan tâm trong tự chủ ÐH. Hiện nay, có nhiều trường ÐH ồ ạt mở các ngành để thu hút sinh viên dẫn tới sự bão hòa, nhiều sinh viên ra trường không có việc làm. Từ đó, đặt ra sự tồn tại của các trường, của ngành nghề đào tạo cần phù hợp nhu cầu thị trường. Hiệu trưởng Trường ÐH Bách khoa Hà Nội Hoàng Minh Sơn cho biết: Khi tự chủ, trường được tự do hơn trong việc mở ngành, nhưng trách nhiệm sẽ lớn do đó cần cân nhắc kỹ. Vì vậy, quy trình mở ngành và chương trình mới của trường được thực hiện rất chặt chẽ và phải được nghiên cứu kỹ, đồng thời mỗi ngành mở ra phải bảo đảm thành công. Quan trọng nhất là đội ngũ nhân lực, cơ sở vật chất, chương trình đào tạo phải đầy đủ. Mỗi trường cần có tầm nhìn, chiến lược riêng của mình. Ðáng chú ý trong mở ngành, mỗi trường phải xây dựng cho mình một phân khúc về đào tạo, chất lượng khác nhau mới có thể cạnh tranh lành mạnh và phát triển. Nếu một trường nào đó mở một ngành mà trường nào cũng mở được, chất lượng không hơn những trường khác, rõ ràng sẽ bị cạnh tranh rất lớn và không thể phát triển. Còn đối với Trường ÐH Kinh tế quốc dân, khi mở ngành trường sẽ dựa vào hai yếu tố là phía những người sử dụng lao động và các chương trình đào tạo của các đại học lớn trên thế giới.
Tự chủ là bước đi cần thiết để các cơ sở giáo dục có điều kiện phát triển và hội nhập, góp phần nâng cao chất lượng, uy tín. Ðể chuẩn bị và tận dụng tốt cơ chế này, theo Phó Vụ trưởng GDÐH (Bộ Giáo dục và Ðào tạo) Nguyễn Thu Thủy, thời gian tới các trường cần kiện toàn bộ máy quản lý, quản trị của trường. Nâng cao năng lực quản trị thông qua các hoạt động, công tác vai trò giám sát của hội đồng trường. Ðồng thời các thành viên của hội đồng trường cần cập nhật thông tin để hiểu về vai trò, trách nhiệm của mình khi tham gia hội đồng trường. Ðội ngũ cán bộ lãnh đạo chủ chốt nói chung của các trường cần có sự tập huấn, nâng cao năng lực, kỹ năng quản trị hiện đại. Ngoài ra, các trường cần xây dựng thêm chiến lược phát triển, hoàn thiện thêm về quy chế tổ chức, hoạt động, quy định nội bộ từ quy chuẩn học tập, chất lượng đào tạo, quy chế chi tiêu nội bộ, chính sách đãi ngộ dành cho người lao động, cán bộ, công nhân viên… cần rà soát lại để thực hiện đúng quyền tự chủ, trách nhiệm giải trình của mỗi trường; thực hiện công khai, minh bạch các thông tin cũng như trách nhiệm giải trình từ phía nhà trường. Từ đó có những quy định hợp lý về học phí, đồng thời đưa ra được chiến lược định hướng mở ngành phù hợp nhu cầu thị trường, nâng cao chất lượng đào tạo, thu hút sinh viên theo học.