Theo hồ sơ vụ án, Hợp tác xã (HTX) Nghĩa Phương được cấp giấy chứng nhận đăng ký HTX lần đầu năm 1998 và đăng ký thay đổi lần thứ nhất vào năm 2019. HTX hoạt động dựa trên cơ sở Luật HTX và Điều lệ của HTX Nghĩa Phương. Nguyễn Văn Khuê là Chủ tịch HĐQT, kiêm Giám đốc HTX là người đại diện cho HTX tiến hành ký các hợp đồng và thực hiện các quyền, nghĩa vụ khác theo quy định.

Năm 2011, HTX Nghĩa Phương có chủ trương xây dựng, sửa chữa, cải tạo và nâng cấp chợ Nghĩa Phương. Sau khi có chủ trương, HTX đã tiến hành cải tạo, sửa chữa và nâng cấp. Do khó khăn về kinh phí nên HTX mới chỉ thực hiện được một số hạng mục. Vì vậy, HTX có chủ trương cho thuê các ki ốt bán hàng trong 10 năm để lấy tiền phục vụ công tác xây dựng, sửa chữa, cải tạo và nâng cấp chợ Nghĩa Phương. Căn cứ vào chủ trương của HTX và chức trách của Chủ tịch HĐQT, kiêm Giám đốc HTX Nghĩa Phương, trong các năm 2016 và 2017, Nguyễn Văn Khuê đã ký 8 hợp đồng cho 8 hộ cá nhân thuê 9 ki ốt với giá 200 triệu đồng/ki ốt. Sau khi ký hợp đồng, Nguyễn Văn Khuê đã trực tiếp thu về tổng số tiền 1,8 tỷ đồng. Tuy nhiên, khi thu tiền của các hộ cá nhân thuê, Nguyễn Văn Khuê đã sử dụng phiếu thu có chữ ký khống của thủ quỹ. Số tiền 1,8 tỷ đồng sau khi thu của các hộ, Nguyễn Văn Khuê đã sử dụng vào mục đích cá nhân. Để hợp thức hóa các loại giấy tờ liên quan, Nguyễn Văn Khuê đã sử dụng phiếu thu đã có chữ ký khống của thủ quỹ, không nằm trong hệ thống quản lý của HTX Nghĩa Phương, không thông báo, không nộp vào quỹ, bỏ ngoài sổ sách kế toán của HTX nhằm chiếm đoạt tiền. Hành vi gian dối của Nguyễn Văn Khuê sau đó đã được phát giác và tố cáo đến cơ quan chức năng.