Năm 1954, Hiệp định Giơ-ne-vơ về Đông Dương được ký kết, các nước tham gia Hội nghị đã long trọng tuyên bố tôn trọng độc lập chủ quyền, thống nhất và toàn vẹn lãnh thổ của Việt Nam, Lào và Cam-pu-chia. Mỹ là nước trực tiếp giúp Pháp trong cuộc chiến tranh xâm lược Đông Dương và là thành viên của Hội nghị Giơ-ne-vơ nhưng lại trắng trợn tuyên bố: "Mỹ không bị nội dung này ràng buộc”.

Tháng 6-1954, Mỹ đưa Ngô Đình Diệm về Sài Gòn, lập Chính phủ bù nhìn đồng thời thành lập phái đoàn quân sự đặc biệt của Mỹ (SMM) và "khẩn cấp” tăng cường viện trợ kinh tế và quân sự cho chính quyền Ngô Đình Diệm.

Được Mỹ hậu thuẫn, tháng 5-1959, Ngô Đình Diệm ban hành Luật phát xít 10/59 và Luật số 21, lê máy chém đi khắp miền Nam, gây nên những vụ giết người man rợ.

Trước tình hình đó, Hội nghị lần thứ 15 Ban Chấp hành Trung ương Đảng (Khoá II) họp tại Hà Nội, xác định con đường giải phóng miền Nam là "Con đường cách mạng bạo lực”. Theo Chỉ thị của Bộ Chính trị, tháng 5-1959, Tổng Quân uỷ Trung ương quyết định thành lập Phòng nghiên cứu hoạt động chi viện quân sự cho miền Nam.

Thực hiện chủ trương của Đảng và Quân uỷ Trung ương, ngày 19-5-1959, "Đoàn công tác quân sự đặc biệt” (đơn vị tiền thân của Đoàn 559) được thành lập. Ngày 1-6-1959, Tiểu đoàn 301 trực thuộc "Đoàn 559” ra đời. Tiểu đoàn có nhiệm vụ mở tuyến vận tải xuyên Trường Sơn để chi viện vũ khí, trang bị, lực lượng cho chiến trường miền Nam.

Đến tháng 7-1959, Tiểu đoàn 603 được thành lập, có nhiệm vụ nghiên cứu tìm phương thức vận chuyển bằng đường biển. Tiểu đoàn gồm 107 cán bộ, chiến sĩ, biên chế thành 2 đại đội, đóng quân tại thôn Thanh Khê, xã Thanh Trạch, huyện Bố Trạch, tỉnh Quảng Bình. Để giữ bí mật, Tiểu đoàn lấy tên là "Tập đoàn đánh cá Sông Gianh”. Phương tiện vận tải ban đầu của đơn vị là 4 chiếc thuyền gỗ có trọng tải từ 15-20 tấn. Thuyền có 2 đáy, phía dưới để vũ khí, phía trên để lưới và dụng cụ đánh cá nhằm cải trang thành thuyền buồm đánh cá miền Nam.

Cuối năm 1959, công tác chuẩn bị cho vận chuyển đã cơ bản hoàn thành. Đại đội 1, Tiểu đoàn 603 tổ chức chuyến thuyền vượt biển đầu tiên chở 5 tấn vũ khí và thuốc chữa bệnh cho chiến trường Khu V, địa điểm cập bến là chân đèo Hải Vân. Chuyến đi có 6 người: Đồng chí Nguyễn Bất, Đại đội trưởng Đại đội 1 làm Thuyền trưởng; đồng chí Trần Mức làm Thuyền phó; 4 thành viên còn lại là: Huỳnh Ba, Nguyễn Sanh, Huỳnh Sơn, Nguyễn Nữ.

Để giữ bí mật, lợi dụng lúc thời tiết xấu, gió mùa đông bắc, 18 giờ ngày 27-1-1960 (tức 30 Tết Canh Tý) thuyền nhổ neo. Đêm đầu tiên, thuyền chạy thẳng ra vùng biển quốc tế, với ý định từ đó sẽ đi dần vào chân đèo Hải Vân. Hôm sau, gió to, sóng lớn, thuyền có nguy cơ bị lật, 6 người kiên trì chèo chống nhưng thuyền vẫn cứ dạt về phía Nam và bị gãy một lái. Ngày thứ 3, thuyền trôi vào Cù Lao Ré (Quảng Ngãi). Mọi người định chèo thuyền ngược ra thì tay lái còn lại gãy nốt. Lúc này, tàu tuần tiễu của địch và tàu đánh cá của dân ra biển ngày một đông, nếu ở vùng biển này lâu sẽ bị lộ, thuyền trưởng Nguyễn Bất quyết định thả 5 tấn súng đạn và thuốc chữa bệnh xuống biển để xóa dấu vết. Tuy không có chứng cớ rõ ràng nhưng 6 thủy thủ của ta vẫn bị địch giam và tra tấn để khai thác thông tin. 5 thủy thủ đã hy sinh, duy nhất đồng chí Huỳnh Ba còn sống (được trao trả năm 1974).

Chuyến đi đầu tiên không thành công. Nhận thấy việc dùng thuyền buồm gỗ chở vũ khí vào chiến trường bằng đường biển rất nhiều khó khăn và không an toàn, Quân ủy Trung ương quyết định cho Tiểu đoàn 603 ngừng hoạt động. Trong khi chờ đợi trên tìm phương án mới, Tiểu đoàn 603 giải thể, các đại đội chuyển về Tiểu đoàn 301 làm nhiệm vụ mở đường Trường Sơn.

Đầu năm 1960, cùng với Phong trào Đồng khởi Bến Tre, cách mạng của các tỉnh đồng bằng Nam Bộ chuyển mạnh lên thế tiến công và trở thành cao trào đồng khởi rộng khắp. Để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ chiến đấu và phát triển lực lượng của các tỉnh Nam Bộ và Nam Trung Bộ, yêu cầu cấp bách là phải nhanh chóng vận chuyển vũ khí, hàng hóa để chi viện cho chiến trường. Lúc này, tuyến đường bộ trên dãy Trường Sơn đã mở và hoạt động hiệu quả nhưng chưa vươn tới các địa bàn chiến lược đặc biệt quan trọng. Tổng Quân ủy tiếp tục chỉ đạo Bộ Tổng Tham mưu khẩn trương nghiên cứu đề án mới về xây dựng và tổ chức lực lượng vận tải biển chi viện cho chiến trường Nam Bộ và Khu V.

Trong khi chưa có lực lượng để làm nhiệm vụ vận chuyển trên biển chi viện cho miền Nam, Bộ Chính trị chỉ thị cho Trung ương Cục miền Nam chỉ đạo các tỉnh ven biển ở miền Trung và Nam Bộ chủ động chuẩn bị bến, bãi và tổ chức đưa thuyền vượt biển ra miền Bắc, vừa thăm dò, nắm tình hình địch, nghiên cứu tuyến vận chuyển trên biển vừa nhận vũ khí để kịp thời cung cấp cho phong trào đấu tranh cách mạng ở miền Nam đang phát triển.

Giữa năm 1961, tỉnh Bạc Liêu điều 2 thuyền ra Bắc; thuyền thứ nhất do đồng chí Bông Văn Dĩa (Hai Dĩa) phụ trách, rời rạch Cá Mòi (Mũi Cà Mau) và cập bến tại cửa sông Nhật Lệ (Quảng Bình) ngày 7-8-1961; thuyền thứ hai do đồng chí Nguyễn Thanh Trầm (Tư Lưới) phụ trách, xuất phát ngày 3-8-1961, khi đi ngang qua Huế thì bị thủng, phải quay trở lại Cà Mau để sửa chữa.

Tỉnh Trà Vinh thành lập 1 khung cán bộ để đưa thuyền ra Bắc, do đồng chí Hồ Văn In (Bảy Thắng) làm Thuyền trưởng, đồng chí Nguyễn Thanh Lồng (Hai Tranh) làm Chính trị viên. Ngày 3-8-1961, thuyền xuất phát, ra tới Nha Trang gặp bão, bị trôi dạt sang Ma Cao (Trung Quốc); sau đó đi trở lại hướng Tây Nam. Ngày 15-8-1961, thuyền bị Trung Quốc giữ và đưa về Du Hải-Quảng Châu. Ngày 16-8-1961, đại diện Đại sứ quán Việt Nam đón và đưa anh em về Hà Nội, còn thuyền thì bạn cho Tàu Nam Hải 136 chở sang bàn giao cho Ty Thủy sản Hải Phòng.

Tỉnh Bến Tre tổ chức 2 thuyền ra Bắc. Thuyền thứ nhất do đồng chí Đặng Bá Tiên (Sáu Giáo) làm Thuyền trưởng. 16 giờ ngày 17-8-1961 thuyền xuất phát. Sau 8 ngày đêm hành trình, vật lộn với sóng, gió và né tránh sự kiểm soát của địch, thuyền đã cập vào bến Hà Tĩnh. Thuyền thứ hai do đồng chí Lê Công Cẩn (Năm Công) phụ trách. Ngày 28-8-1961, thuyền cập vào bến Thanh Hoá.

Mặc dù gặp nhiều khó khăn, bất trắc nhưng thuyền của tỉnh Bà Rịa do đồng chí Nguyễn Sơn (Nguyễn Văn Phe), Xã đội trưởng xã Phước Hải làm Thuyền trưởng ngày 15-5-1962 cũng ra đến miền Bắc an toàn.

Như vậy, từ giữa năm 1961 đến giữa năm 1962, 5 thuyền của Nam Bộ đã ra tới miền Bắc. Những người con kiên trung của thành đồng Tổ quốc đã vinh dự được Chủ tịch Hồ Chí Minh; Bí thư thứ nhất Ban châp hành Trung ương Đảng Lê Duẩn và các đồng chí trong Bộ Chính trị, Quân uỷ Trung ương gặp mặt, ân cần thăm hỏi, động viên. Những chuyến vượt biển thành công là một trong những cơ sở quan trọng để xúc tiến việc thành lập đoàn vận tải thủy tiếp tế vũ khí cho miền Nam.

Ngày 23-10-1961, Bộ Tổng Tư lệnh ra Quyết định số 97/QP do Thứ trưởng Hoàng Văn Thái ký thành lập Đoàn 759 vận tải thủy. Đồng chí Đoàn Hồng Phước làm Đoàn trưởng. Cơ quan của Đoàn gồm có Ban Tham mưu, Ban Chính trị, Ban Hậu cần. Lực lượng của Đoàn ban đầu có 38 cán bộ, chiến sĩ; trong đó 20 đồng chí thuộc các thuyền của Bến Tre, Trà Vinh và Liên khu V vừa điều ra. Đoàn có nhiệm vụ mua sắm phương tiện, vận chuyển tiếp tế cho chiến trường miền Nam bằng đường biển. Đoàn đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Bộ Tổng Tư lệnh, lấy nhà số 83 Lý Nam Đế (Hà Nội) làm trụ sở.

Cuối năm 1961, đề án công tác của Đoàn đã được Quân ủy Trung ương và Bộ Tổng Tư lệnh thông qua. Ngày 12-2-1962, Tổng cục Chính trị có Quyết định số 09/QĐ thành lập Đảng uỷ Đoàn 759 do đồng chí Phạm Thái Hòa làm Bí thư.

Quyết định thành lập Đoàn 759 thể hiện tầm nhìn chiến lược và sáng tạo của Bộ Chính trị mà trực tiếp là Quân ủy Trung ương và Bộ Tổng Tư lệnh. Sự ra đời của Đoàn 759 đánh dấu mốc lịch sử quan trọng, mở ra bước phát triển mới của tuyến đường vận tải chiến lược trên biển.

Ngày 23-10 trở thành ngày truyền thống của Đoàn 759 trước đây, Lữ đoàn 125, Vùng 2 Hải quân ngày nay đồng thời là Ngày mở Đường Hồ Chí Minh trên biển.