Trong quá trình thực hiện dự án, Nhà nước có sự thay đổi về cơ chế chính sách, đồng thời giai đoạn này giá cả nguyên vật liệu liên tục tăng, trước đề nghị của chủ đầu tư, ngày 29/3/2016 Bộ GTVT ban hành Quyết định số 960/QĐ-BGTVT phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án là 229,79 tỷ đồng (trong đó chủ yếu tăng do đền bù giải phóng mặt bằng), nguồn vốn được cân đối, điều hòa trong tổng mức vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2012- 2015 của Bộ GTVT. Như vậy, so với tổng mức đầu tư điều chỉnh, số vốn cấp cho dự án còn thiếu 82,898 tỷ đồng cho đến nay vẫn chưa được cấp để thực hiện công tác thanh quyết toán, đặc biệt là chi trả kinh phí đền bù, giải phóng mặt bằng mà trước đây người dân đã giao đất, ứng trước mặt bằng thi công (tính từ khi khởi công đến nay đã được hơn 7 năm).
Tại kỳ họp thứ 4, Quốc hội khóa XIV, trên cơ sở phiếu chất vấn của ĐBQH Bạch Thị Hương Thủy, Đoàn ĐBQH tỉnh Hòa Bình, Thủ tướng Chính phủ đã trả lời về nội dung nêu trên tại Văn bản số 1785/TTg-KTTH ngày 18/11/2017. Theo đó đã giao Bộ trưởng Bộ KH&ĐT thừa ủy quyền của Chính phủ, thay mặt Chính phủ báo cáo UBTVQH theo hướng rà soát, điều chỉnh các dự án kế hoạch vốn trái phiếu Chính phủ trên cả nước để bổ sung số vốn còn thiếu cho Dự án đường 12B. Tuy nhiên, đến nay Đoàn ĐBQH tỉnh Hòa Bình chưa nhận được thông tin vấn đề này.
Từ những khó khăn, vướng mắc nêu trên, trân trọng đề nghị UBTVQH quan tâm chỉ đạo sớm việc bố trí nguồn vốn còn thiếu cho Dự án đầu tư công trình đường 12B, đoạn km18 + 00 - km 47 + 300, tỉnh Hòa Bình để thực hiện chi trả kinh phí đền bù giải phóng mặt bằng cho nhân dân, khắc phục khó khăn, yên tâm lao động sản xuất và quyết toán công trình tránh gây bức xúc, khiếu kiện, ảnh hưởng đến đời sống nhân dân và tình hình ANTT trên địa bàn”.
Tại Văn bản số 1742/BKHĐT-TH ngày 22/3/2018 Bộ KH&ĐT đã trả lời về nội dung chất vấn như sau:
Dự án đầu tư xây dựng công trình đường 12B, đoạn km18 + 00 - km47 + 300, tỉnh Hòa Bình nằm trong danh mục các dự án đã được Chính phủ trình UBTVQH xem xét cho phép bổ sung bố trí vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2012 - 2015 tại Tờ trình số 535/TTr-CP ngày 13/11/2017. Tuy nhiên, tại Nghị quyết số 468/NQ-UBTXQH14 ngày 29/12/2017, UBTVQH chưa xem xét bổ sung vốn cho dự án này.